Noen gjenstander fra Vår Frelsers kirke er bevart, blant annet prekestolen fra 1689 og altertavlen fra 1691. Den gamle altertavlen forestiller et syn av den blødende Kristus som kong Christian IV skal ha hatt i 1625. Den gamle altertavlen lå lenge på kirkeloftet, men ble i 1927 innrammet og hengt opp. Kirkens nye altertavle er fra 1880.
Fillan kirke har en lukket veggstol i samme høyde som galleriet. Dette er Ansnesstolen, bekostet av en rik familie fra Ansnes og sannsynligvis oppsatt da kirken ble bygget. Etter tradisjonen kan bare folk fra Ansnes sitte i denne veggstolen. Det eksisterende galleriet ble ikke satt opp før mot slutten av 1800-tallet.
I 1880 og 1890-åra ble Fillan kirkegård avlastet da det ble anlagt kirkegårder på Sandstad og på Nordbotn. Innhitterværingene fikk egen kirke i 1888 da Sandstad kirke ble bygd.
På kirkegården ved Fillan kirke ble det i 1979 reist en bauta til minne om fiskere som er kommet bort på havet. På bautaen står det skrevet opp 62 navn.
